يتابع نيافة الحبر الجليل الأنبا أنطونيوس مطران القدس والشرق الأدنى المراحل المتتالية لإنشاء وبناء أول كنيسة قبطية أرثوذكسية فى منطقة بيت لحم، والمزمع إطلاق اسم البابا كيرلس السادس وشهداء الكنيسة القبطية في القرن الواحد والعشرين عليها، ( الكشح كنيسة القديسين شهداء مذبحة ليلة عيد الميلاد فى نجع حمادى شهداء البطرسية شهداء أقباط ليبيا شهداء كنيسة طنطا شهداء حادث دير الأنبا صموئيل المعترف الأول والثانى شهداء كنيسة حلوان شهداء أقباط العريش وشهداء أقباط ماسبيرو ).
ومن المُقرر أن يكلف نيافة الأنبا أنطونيوس القائمين على العمل برسم أيقونات للكنيسة، بحيث يكون لكل مجموعة شهداء أيقونتهم الخاصة وذلك ليتم وضعها عقب التدشين فى الكنيسة للبركة لمن يأتى من جميع أنحاء العالم.
وكانت بطريركية الأقباط الأرثوذكس بالقدس، قد قامت بشراء منزل قريب من دير ومغارة السيدة العذراء للراهبات ببيت لحم، الذى هو كان أصلاً منزلاً محليًا فى الحارة التى تعتبر من أجمل حارات بيت لحم القديمة، لحفاظها على معمارها التقليدى وقُوّيت أساسات المنزل المكون من طابق واحد، لترتفع فوقه كنيسة فى طور البناء، بأسم كنيسة شهداء القرن ال 21 والبابا كيرلس السادس معًا.
وتعتبر هذه الكنيسة هى أحدث كنيسة تُبنى فى فلسطين، وتُشير إلى الجَهد القبطى، للتواجد في مكان قريب من كنيسة المهد، ويربط الحاضر بالماضي، ومعمار الكنيسة الجديد الذي يحاكي العمارة القديمة لبلدة بيت لحم.