تحيي الكنيسة الأرثوذكسية، برئاسة البابا تواضروس الثاني، بابا الإسكندرية، بطريرك الكرازة المرقسية، ذكرى استشهاد الراهب يوحنا القليوبى.
وقال كتاب التاريخ الكنسي «السنكسار» الذي تُتلى فصوله على مسامع الأقباط يوميًا والذي يحتوي على الوقائع والأحداث والتذكارات المهمة في التاريخ الكنسي، إنه في أيام البابا يوأنس الرابع عشر البطريرك السادس والتسعين (1571- 1586 م) حدث أن اقتنص أحد الحكام هذا الراهب خارج الدير، ولم يكتفِ بمنعه من العودة إلى البرية المقدسة، بل أراد إقحامه على إنكار المسيح له المجد.
ورفض الراهب رفضًا باتًا إنكار السيد المسيح، فصدر الحكم عليه بغرس السكاكين الحادة في يديه وإيقاد مشاعل على كتفيه، ووضعه على جمل يطوف به شوارع المدينة تحيط به الغوغاء الصاخبة، فتحَّمل هذا كله في صمت تام.
ويبدو أن هدوئه زاد الحاكم غضبًا فأصدر أمرًا بربط يوحنا على عدد من الخشب وخلال ضربه وتعذيبه استودع روحه بين يديّ الآب السماوي، ونال الإكليل المعد للذين يصبرون إلى المنتهى، وكان استشهاد الراهب القديس يوحنا القليوبي يوم الأحد المبارك الموافق 30 هاتور سنة 1298، وفي اليوم التالي أنزلوا جثمانه الطاهر عن الخشبة، وسلموه للقبط الذين مضوا به إلى كنيسة الشهيدة بربارة بمصر القديمة، حيث أقاموا عليه الصلوات الكنسية ورفعوا الأسرار المقدسة، ثم دفنوه بتلك الكنيسة المقدسة مثوى الشهداء.