تحتفل الكنيسة القبطية الأرثوذكسية بذكرى نياحة البابا بطرس الثالث 27 سنة 481 م، وبهذه المناسبة قال السنكسار الكنسي إن في مثل هذا اليوم من سنة 481 ميلادية تنيح القديس العظيم الأنبا بطرس السابع والعشرون من باباوات الإسكندرية.
وقد قدم بطريركا بعد نياحة القديس تيموثاوس البابا السادس والعشرين، وبعد جلوسه على الكرسي الرسولي بقليل وصلت إليه من القديس أكاكيوس بطريرك القسطنطينية رسالة، يعترف فيها بالطبيعة الواحدة، كقول القديس كيرلس والقديس ديسقورس، وأوضح فيها انه لا يصح إن يقال بالطبيعتين بعد الاتحاد لئلا تبطل فائدة الاتحاد، فأجاب الاب بطرس برسالة يعلن فيها قبوله في الأمانة المستقيمة، وأرسلها مع ثلاثة من علماء الأساقفة فقبلهم الاب أكاكيوس بالاحترام وشاركهم في صلاة القداس وقرأ الرسالة علي خاصته ومن يشايعه، ثم كتب رسالة أخرى جامعة إلى الأب بطرس الذي عند وصولها إليه جمع الأباء والأساقفة وقراها عليهم، ففرحوا بها واستحسنوا عباراتها ومعانيها، واعترفوا بشركته معهم في الأمانة الأرثوذكسية.
وقد قاسي هذا الأب شدائد كثيرة من المخالفين له في الدين وفي الرأي ونفي من كرسيه مرة ثم عاد، وكان في نفيه مداوما علي تعليم الرعية ووعظها برسائله التي يرسلها إليهم، وفي حضوره بأقواله، وأقام على الكرسي المرقسي ثماني سنين. ثم تنيح بسلام.