وُلِدَ أباكير في مدينة الإسكندرية من أبوين تقيين وربيَّاه تربية مسيحية وتعلَّم مهنة الطب فاشتهر بعلمه وتقواه ومحبة الفقراء فوَشُوا به عند الوالي أنه يشفي الناس بالسحر والشعوذة فأمر بالقبض عليه رغم علمه بالخدمات الكثيرة التي يقدمها لكل الناس فهرب أباكير إلى الصحراء الشرقية حيث انضم للنساك وعاش معهم وكان يخدمهم.
أما يوحنا فكان ضابطًا كبيرًا في جيش بلاد ما بين النهرين، وكان مسيحيًا تقيًا يميل إلى حياة النسك والعبادة فلما سمع بخبر أباكير، ترك الجُندية وجاء وزار الأماكن المقدسة في أورشليم ثم جاء إلى الصحراء الشرقية حيث يوجد القديس أباكير فتقابلا وسلَّما على بعضهما وسكن يوحنا بجوار أباكير واتخذه معلِّمًا له في الفضيلة وصارا كأخوين روحيين.
ولما أشعل دقلديانوس الاضطهاد ضد المسيحيين، وكانت الإسكندرية مسرحًا لحالات الاضطهاد والتعذيب فأمسك جنود الوالي بسيدة مسيحية مؤمنة تدعى أثناسيا ( معنى اسمها خالدة وغير مائتة) وبناتها العذارى الثلاث ثيئودورا (أي عطية الله) وثاؤبستى (أي إيمان الله) وثاؤذكسيا (أي مجد الله) واقتادوهن مقيَّدات للمحاكمة والتعذيب في منطقة تدعى كانوب بشرق الإسكندرية.
سمع القديس أباكير وهو في الصحراء بخبر القبض على أثناسيا وبناتها وكان يَعرفهن من قبل فأشفق عليهن لئلا يؤثِّر فيهن العذاب فيضعفن فقرر أن ينزل إلى الإسكندرية للوقوف بجانبهن ونزل معه أخوه الروحي يوحنا.
وما أن دخلا إلى الإسكندرية وذهبا إلى كانوب لكي يشجِّعا أثناسيا وبناتها حتى وشى بعض الأشرار للوالي بوصول أباكير ويوحنا، فأمر بالقبض عليهما ومحاكمتهما وتعذيبهما بعذابات شديدة.
أمر الوالي بقطع رؤوس أثناسيا وبناتها الثلاث أمام أباكير ويوحنا لكي يرعبهما ولكنهما ازدادا في التمسك بإيمانهما واشتاقا أن ينالا إكليل الشهادة أيضًا، وبعد سلسلة من العذابات أمر الوالي بقطع رأسيهما فنالا إكليل الشهادة في منطقة كانوب التي تسمت بعد ذلك أبوقير نسبة للقديس أباكير.
جاء القديس يوليوس الأقفهصي مع غلمانه وحملوا أجساد الشهداء ودفنوهم في مقبرة بقرب كنيسة مار مرقس بالإسكندرية وكتب قصة جهادهم واستشهادهم.