ادانت المبادرة المصرية للحقوق الشخصية فى تقرير تفصيلى لها قيام أجهزة الدولة بغلق عدد من الكنائس التي قدمت طلبات رسمية إلى لجنة توفيق أوضاع الكنائس للحصول على التراخيص اللازمة وفقًا لقانون بناء الكنائس رقم 80 لسنة 2016. كما انتقدت المبادرة المصرية طريقة تعامل الأجهزة الأمنية مع الاحتجاجات الرافضة وجودَ هذه الكنائس، لا سيما أنها تطورت في عدد من الحالات إلى اعتداءات طائفية، حيث قامت الأجهزة الأمنية بالقبض على أعداد من الطرفين، للضغط على الأقباط للقبول بالصلح العرفي، للإفراج عن المقبوض عليهم مع استمرار غلق هذه الكنائس.
كانت عدة قرى في محافظات مختلفة، قد شهدت توترات واعتداءات على الأقباط لقيام لجان محلية بمعاينة كنائس قدمت أوراقها إلى لجنة توفيق الأوضاع، كان آخرها ما جرى في قرى: بني منين في مركز الفشن، كومير والحليلة في مركز إسنا، الطود في مركز أبو تشت كما سيرد في بيان الأحداث.
ورصدت المبادرة المصرية قيام مؤسسات الدولة بغلق 14 كنيسة قائمة، جرت إقامة الشعائر الدينية فيها في فترات سابقة على قرار الغلق، وذلك منذ صدور قانون بناء الكنائس في 28 سبتمبر 2016 وحتى إبريل 2018، أربع منها منذ بداية العام الحالي، حيث تم منع الأقباط من الوصول إلى الكنائس أو إقامة أية صلوات في داخلها، وهو ما يخالف قانون بناء الكنائس الذي نصَّ على استمرار الصلاة في الكنائس القائمة قبل صدور القانون حتى لو لم تنطبق عليها شروط توفيق الأوضاع الواردة في القانون وفي قرار رئيس الوزراء الخاص بتشكيل اللجنة المعنية بذلك.
وقال إسحق إبراهيم مسئول ملف حرية الدين والمعتقد في المبادرة المصرية:"أدت الصعوبات القانونية التي تواجه عملية بناء الكنائس، بالإضافة إلى رفض قطاع من المواطنين المسلمين، ورضوخ أجهزة الدولة لهذه الاعتراضات المحلية إلى ظهور ما يمكن تسميته بالكنائس التي تتخذ شكل البيوت. فالحاجة خلقت نوعًا من التحايل على صعوبات البناء. ففي كثير من اﻷحيان يلجأ مواطنون أقباط إلى شراء منزل وهدم حوائطه الداخلية وتفريغه ليكون ملائمًا لممارسة الشعائر الدينية، ثم تبدأ ممارسة الشعائر الدينية بعدها بانتظام، ويعين رجل دين للقيام بالطقوس الدينية. وبعد ذلك، يسري إلى علم الأجهزة الأمنية تحويل المكان إلى كنيسة، ويتعارف عليه من جميع المسئولين والجيران بأنه كنيسة".
وأضاف إبراهيم: "أنشئت نسبة كبيرة من الكنائس خلال العقود الأخيرة بهذه الصورة. هذه الكنائس لا تحوز ترخيصًا رسميًّا، لكنها أصبحت بقوة الأمر الواقع كنيسة، وقدمت هذه الكنائس أوراقها إلى لجنة توفيق الأوضاع وفقًا للقانون".
وحذرت المبادرة المصرية من أن هذه الوقائع مرشحة للتكرار بمعدل متزايد، طالما استجابت مؤسسات الدولة لرغبات الرافضين وجودَ الكنائس ومنحت الجهات الأمنية وسلطات الحكم المحلي سلطة غلق الكنائس بالمخالفة للدستور والقانون، وأكدت خطورة أن يتحكم قطاع من المواطنين عمليًّا في حق ممارسة الشعائر الدينية لقطاع آخر من المواطنين.
كانت المبادرة المصرية قد انتقدت سابقًا أداء لجنة توفيق أوضاع الكنائس البطيء في دراسة الطلبات المقدمة إليها، وإضفاء طابع السرية على عملها، وهو ما ينتهك حق المواطنين في معرفة الأسس الحاكمة لعملية منح أو رفض الترخيص لكنيسة أو مبنى خدمات، وعدم تحديد مدة زمنية للانتهاء من نظر الطلبات والرد عليها، وهو ما يعطي الفرصة للمماطلة ويوفر أجواءً للتوتر خصوصًا في القرى التي توجد فيها أعداد قليلة من المسيحيين.
وطالبت المبادرة المصرية بإعادة فتح الكنائس المغلقة وتمكين المواطنين من أداء شعائرهم الدينية، مع الإفراج عن المقبوض عليهم عشوائيًّا من أقباط قريتي بني منين في مركز الفشن، وكومير في مركز إسنا، ومحاسبة الأطراف التي قامت بالتحريض والاعتداءات على منازل الأقباط. كما جددت المبادرة مطلبها بضرورة الموافقة على كل طلبات الكنائس والمباني الخدمية المقدمة إليها لتوفيق أوضاعها بدون إرسال لجان محلية للمعاينة.