وُلد ميخائيل الطوخى في قرية طوخ النصارى التابعة لمركز تلا محافظة المنوفية من أبوين مسيحيين تقيين وسُمِي ميخائيل،ودرس الألحان والتسبحة واللغة القبطية والكتاب المقدس وكافة العلوم الكنسية، ثم تم رسامته شماسًا وهو في الثامنة من عمره، وعندما بلغ سن الشباب تزوج، وبعد مدة تم رسامته قساً وبعدها نال درجة القمصية (إيغومانس) على كنيسة القديس مار جرجس في بلدته، وكان مسافرًا إلى القاهرة فى ذات مرة، وكان بصحبته قوم أشرار مبغضين للمسيحيين تعصبوا ضده فاشتكوه زورًا أنه قال في حقهم كلام رديء لا تطيق الآذان سماعه، أمر القاضي بالقبض عليه وإحضاره مكبلاً بالحديد، فأعلمه القديس أن تلك القصة غير حقيقية وملفقة،
لكن هؤلاء الأشرار أتوا بشهود زور لتأكيد كلامهم، فأسلمه القاضي للحبس،أخذه السجان وحفر له في الأرض حفرة وصلبه فيها منكس الرأس ذلك النهار، ولما صار النهار حضر جماعة المدعين عليه وتبعهم قومٌ أشرَّ منهم ووقفوا أمام القاضي في حضرته يدَّعون عليه كلامًا لم يقله، وكان هو يجاوبهم بقوة قلب وشجاعة ويفحمهم بردوده من الكتاب المقدس. أخيرًا إذ فشلوا في إثبات أية تهمة عليه أخذوه إلى قاضٍ لا يخاف الرب فنصحه بترك دين آبائه حتى يطلقوا سراحه، لكنه رفض بشدة مبرهنًا على صحة إيمانه فأوثقوه وبدأوا التهديد والوعيد، ولكنه أصر على رفضه، طافوا به في جميع شوارع المدينة حتى وصلوا إلى موضع يسمى بحارة المغاربة، وحاولوا معه مرة أخيرة لكي يترك دينه، فكان القديس يصيح قائلاُ: "هذا هو يوم فرحي. هذا هو يوم سروري"، أوقدوا أتون نار عظيمة وألقوه فيها،.
رشم ذاته بعلامة الصليب فلم تؤثر فيه حرارة النار بينما أحرقت الحبال التي كان مكبلاً بها، وفي أثناء ذلك رأى السيدة العذراء تنزل إليه بصحبة أربعة ملائكة،خرج سالمًا من الأتون فازدادوا غيظًا، أيضًا ضربه أحدهم ببلطة طويلة على رأسه ودفعه في النار فأسلم روح الطاهرة،وكان عمره نحو خمسين عاماً، وكان استشهاده في يوم الأحد ٣٠ كيهك ١٢٤٠ش / ٢٧ ديسمبر ١٥٢٤م. وتوجد رأسه بكنيسة السيدة العذراء بحارة الروم بالقاهرة، وهي بحالة جيدة لم تتحلل ،كما شهد بذلك كاهن الكنيسة الذي عاينها يوم الجمعة الموافق١٤ ديسمبر١٩٨١م