الكرسي الباباوى له مكانة وقيمة فى قلوب المسيحيين وهيبة وترقب من كل أنحاء العالم ففيه ينظر المؤمنين بتطلع لكلمة رجاء ونصيحة وإرشاد من بابا الكنيسة المرقسية وتشعر بداخله بهيبة المكان وقداسته وهو ما شعر به الزوار اثناء زيارتهم لحجرة البابا كيرلس السادس بالمقر الباباوى القديم بالأزبكية والذى افتتح للجمهور فى ذكرى نياحة البابا كيرلس السادس بحسب كلام معظم الزوار ما شعروا بداخله فى المكان شعور متناقض ما بين البساطة فى الديكور والأثاث والهيبة والعظمة الدى شعروا به بداخله، البابا كيرلس السادس رجل الصلاة و المعجزات كان محبوبا لدى كل المصريين وكان يرتاد الكنيسة المرقسية الالوف لأخذ البركة والصلاة،
تاريخ المقر الباباوى
حسب موقع الكنيسة القبطية الأرثوذكسية فإن البابا مرقس الثامن قام بنقل الكرسي البابوي من حارة الروم إلي الكنيسة المرقسية الكبري بالدرب الواسع ولبناء هذه الكنيسة قصة طريفة يرويها علي باشا مبارك في خططه في الجزء السادس ( وسبب إنشاء هذه الكنيسة أن الأمير الشهير المعلم إبراهيم الجوهري – رئيس كتبة القطر المصري – جاءت له أحد السيدات المحترمات السلطانية ولعلها أخت السلطان من القسطنينية إلي مصر قاصدة الحج ؛ولكونه متقدما في الدولة تقدما مشهورا باشر بنفسه أداء الخدمات الواجبة في الذهاب والعودة وقدم لها الهدايا اللائقة لرفيع مقامها فأرادت مكافأته علي خدمته التي أبداها معها فسألت عن رغباته فالتمس منها المساعدة في إصدار فرمان سلطاني بالرخصة في إنشاء كنيسة بالأزبكية حيث مقر سكنه والتمس منها أشياء أخري كرفع الجزية عن الرهبان إلي غير ذلك فتم قبول طلبه بالإجابة ؛ولكنه توفي في 25 بشنس 1511 الموافق ختام سنة 1209 هلالية قبل الشروع في البناء فتولي أخوه جرجس أفندي منصبه وقام مع البطريرك وباقي أكابر الأمة في بنائها بجانب القلاية وانتهى البناء سنة 1516 للشهداء ويقال إن أصل الموقع الذي بنيت فيه الكنيسة كان ملكا للأمير يعقوب والمعلم ملطي الذين كانوا موظفين في وظائف شهيرة مدة حكم الفرنسيس وتنازلا عنه للكنيسة)
وبالفعل تم تكريس الكنيسة للصلاة في 14 سبتمبر 1800 علي يد البابا مرقس الثامن.
أما العلامة الإنجليزي الفريد بتلر فقال عن هذه الكنيسة ما يجعلنا نشعر بشيء من الصدمة حيث يقول ( ان الكاتدرائية القبطية التي بنيت خلال هذا القرن بشعة المنظر ؛ ولا تلفت الانتباه لدرجة أنها لا تستحق الزيارة الا بالنسبة لهؤلاء المهتمين بمعرفة كيف أن أقباط اليوم يتباعدون عن تقاليدهم ويطبقون الأشكال والممارسات الخاصة بالكنيسة اليونانية )
وفي عهد البابا كيرلس الرابع هدمت الكاتدرائية من أساسها لما رآه من ضيق المساحة وضعف العمارة، وتهديدها بالانهيار ووضع تصحيحهًا لها واحتفل بوضع أساسها يوم الخميس 6 مايو 1858. إلا انه تنيح أثناء بنائها فأكملها البابا ديمتريوس الثانى وقام برسامة القس الراهب يوحنا الناسخ ألذى اصبح فيما بعد البابا كيرلس الخامس ايغومانس ليكون مساعدًا له في هذه الكاتدرائية ).
وأكمل البابا كيرلس الخامس ما بدأه الأسلاف فى الأعمال الإصلاحية واستكمال بناء الكاتدرائية.
ومن الاحداث المهمة التى شهدتها الكاتدرائية بالأزبكية استلام البابا كيرلس السادس الصندوق الذي يحمل رفات القديس مرقس الرسول (24 يونيو 1968)، وسار الموكب من المطار إلى المقر البابوي القديم في الكاتدرائية وظل موضوعًا بها ثلاثة أيام وكان البابا كيرلس السادس قد انتدب وفدا رسميا للسفر إلى روما لتسلم رفات القديس مرقس الرسول من البابا بولس السادس. وتألف الوفد من عشرة من المطارنة والأساقفة بينهم ثلاثة من المطارنة الأثيوبيين ومن ثلاثة من كبار أراخنة القبط بعد أحد عشر قرنا كان فيها جسد مار مرقس محفوظا في مدينة البندقية (فينيسيا) بإيطاليا .