تتميز الكنيسة القبطية الأرثوذكسية، في عهد البابا تواضروس الثاني، بمستوى جيد في العلاقات مع الكنائس الأخرى وعلى رأسها كنيسة القسطنطينية.
وعنها يقول الموقع الرسمي للكنيسة القبطية الأرثوذكسية، إنه قام البابا الراحل شنودة الثالث بزيارة البطريرك المسكونى فى عام 1987م، وقد زاره قداسة البطريرك برثلماوس الأول البطريرك المسكونى فى 13 – 16 سبتمبر 2001 م.
هذا وقد قام قداسة البابا تواضروس بعقد لقاء مسكونى تاريخى فريد بالقاهرة مع غبطة بابا الفاتيكان: البابا فرنسيس وغبطة البطريرك المسكونى البطريرك برثولماوس، حضره رؤساء الكنائس المسيحية بمصر فى 29 أبريل 2017 م، بالكنيسة البطرسية بالقاهرة.
وتم الاتفاق في هذا اللقاء على عقد اجتماع قريب للجنة الدولية الرسمية للحوار اللاهوتى بين العائلتين الأرثوذكسيتين.
هذا وأسست الكنيسة القبطية لجنة ضمن لجان مجمعها المقدس، تسمى لجنة العلاقات المسكونية، منوط بها التعامل مع الكنائس الاخرى وترتيب الحوارات واللقاءات معها وتتكون من الأنبا أنطونيوس مرقس، مطران جنوب افريقيا، والأنبا توماس مطران القوصية ومقرر لجنة (العلاقات المسكونة) الرئيسية، والأنبا مكاريوس الاريترى، والأنبا برنابا اسقف تورينو وروما، والأنبا دميان أسقف شمال ألمانيا ورئيس دير العذراء والقديس موريس - هكستر المانيا، والأنبا انجيلوس أسقف لندن ومقرر لجنة (العلاقات مع الكنائس) الفرعية.
والأنبا دانييل أسقف سيدني، والأنبا أغاثون أسقف البرازيل، الأنبا يوسف أسقف بوليفيا، والأنبا بافلوس أسقف قبرص واليونان، والأنبا لوقا أسقف جنوب فرنسا والقطاع الفرنسي بسويسرا، والأنبا ابراهام أسقف عام لوس انجلوس، مساعد مقرر لجنة (العلاقات المسكونة) الرئيسية، والأنبا كيرلس أسقف عام لوس انجلوس، ومقرر لجنة (الحوارات مع الكنائس) الفرعية، والأنبا سيرافيم أسقف أوهايو.