التقارب بين الكنائس أمرا يندرج في إطار المحبة والتي هي وصية السيد المسيح (احبوا بعضكم بعضا)، ولهذا بدأت الكنيسة منذ عهد البابا الراحل شنودة الثالث في عمل لقاءات مسكونية مع الكنائس الاخرى سعيا لتقارب وجهات النظر فنشر البابا الراحل شنودة الثالث في اخر كتابه (طبيعة المسيح) صورة وثيقة موقعة بين الكنيسة القبطية والكنيسة الكاثوليكية، هذا وقد تصدر المطران الراحل الانبا بيشوي ملف العلاقات المسكونية وقد تم توقيع وثيقة بين الكنيسة القبطية وكنيسة الروم الارثوذكس عام 1990.
هذا ويستكمل البابا تواضروس الثاني ذلك الملف بقوة، حيث أصدر الموقع الرسمي للكنيسة القبطية الأرثوذكسية نشرة تعريفية حول أبرز مستجدات ملف الحوارات والاتفاقيات اللاهوتية المبرمة بين الكنيسة القبطية والكنائس الأخرى، وقالت الكنيسة في نشرتها التعريفية إنه من خلال الدراسة لتطور النشاط المسكوني فى الكنيسة القبطية الأرثوذكسية خلال الحوارات، يتبين أن العمل المسكونى فى الكنيسة القبطية الأرثوذكسية صار فى تطور كبير.
فقد دخلت الكنيسة الأرثوذكسية فى كثير من الحوارات مع عديد من الكنائس سعيًا للوصول إلى الوحدة الكنسية والشركة الكاملة على أساس الإيمان بالرب الواحد والإيمان الواحد والمعمودية الواحدة، كما جاء في (أف 4 :5).
وبخصوص الاتفاقية الخريستولوجية مع كنائس الروم الأرثوذكس، فقد أعقبها عدة اتفاقيات رعوية بخصوص قبول سر المعمودية والزواج، بين كنائس العائلة الأرثوذكسية الشرقية وبعض كنائس الروم الأرثوذكس، وبقى موضوع المجامع والقديسين لم يُحل بعد، فحينما تُحل هاتان المشكلتان وتُرفع الحرومات، تكون هناك إمكانية تبادل الأسرار الكنسية إعلانَا عن الشركة الكاملة بين العائلتين الأرثوذكسيتين.
كما إن الاتفاقات الخرستولوجية التى تم التوقيع عليها مع الكنائس ( الكاثوليكية والمصلحة والأسقفية) ، هي خطوات مباركة جدًا في طريق الوحدة ، ولكنها لا تعنى قيام شركة كاملة بيننا وبين هذه الكنائس ، فلابد من الاتفاق فى بقية الخلافات اللاهوتية ، لكى يكون هناك إيمان واحد و معمودية واحدة (أف 4 :5 ) بين هذه الكنائس ، ومن ثم يمكن الوصول إلى الشركة الكاملة .
وقرر المجمع المقدس فى جلسته المنعقدة يوم السبت 21 يونيو 1986 م ، بشأن ما يجرى الاتفاق عليه من اتفاقيات لاهوتية بين الكنيسة القبطية الأرثوذكسية والكنائس الأخرى ، أن ينص في الاتفاقيات على أن ” الاتفاق يصير رسميًا ، حينما توافق عليه المجامع المقدسة لهذه الكنائس “.