تحتفل الكنيسة القبطية الارثوذكسية اليوم بذكرى أشهر شهدائها وهو الشهيد فيلوباتير مرقوريوس المعروف باسم أبي سيفين ووفقًا لدراسة أعدها الباحث ماجد كامل عضو اللجنة الباباوية للتاريخ الكنسي فقبل رصد الكنائس والأديرة الأثرية القديمة التي تحمل اسم الشهيد أبو سيفين؛ يجدر ذكر أن هناك العديد من المناطق الأثرية التي تحمل اسم قديسين أحدث عهدًا من الشهيد أبو سيفين، ولكنها مبنية على أنقاض كنيسة أو دير لأبو سيفين، نذكر على سبيل المثال منطقة وكنيسة الأنبا رويس بالعباسية كانت تعرف قديمًا باسم "دير أبو سيفين" ولقد ذكر بعض شهود العيان أنه أثناء بناء المقر البابوي الحالي اكتشفوا آثار قبة كنيسة لأبي سيفين تحت مستوي سطح الأرض.

 ويذكر أيضًا دير الأنبا برسوم العريان بمعصرة حلوان قبل أن يسكنه القديس في القرن الثالث عشر كان اسمه "دير أبو سيفين"، ونذكر أخيرًا دير العزب في الفيوم قبل أن يدفن فيه الأنبا أبرام أسقف الفيوم والجيزة الراحل (1829 -1914) كان أصلًا يعرف بـ"دير أبي سيفين" أما عن كنيسة الشهيد العظيم أبي سيفين بمصر القديمة فيرجع تاريخ إنشائها غالبًا إلي نهاية القرن الخامس وبداية القرن السادس، ولقد  تهدمت هذه الكنيسة وأعيد بناؤها في عهد البابا أبرام بن زرعة البطريرك الـ62 من باباوات الكنيسة القبطية، ويرى البعض أن هذه الكنيسة كانت مقرًا للكرسي البابوي فترة من الزمن، بينما يرى البعض الآخر أنها لم تكن مقرًا بالمعني المعروف ولكنها كانت استراحة للأب البطريرك في الفترة التي كان فيها مقر الكرسي المرقسي هو الكنيسة المعلقة.

ويذكر بعض المؤرخون أن هذه الكنيسة قد تم تجديدها في عهد العزيز بالله (974-996 ) ومن أشهر الآثار كنيسة المغارة التي عاش فيها القديس برسوم العريان مدة 20 عامًا قبل انتقاله إلي دير المعصرة بحلوان، كما يوجد بها مجموعة رائعة من الأيقونات الرائعة  قام برسمها طبقًا للتوقيعات الموجودة علي كل أيقونة كل من "إبراهيم الناسخ "و"يوحنا الأرمني" و"انسطاسي الرومي". 

وبجوار كنيسة مصر القديمة يقع دير أبو سيفين للراهبات وكان يعرف قديما بدير "أبي سيفين للبنات بحارة البطريرك بدرب البحر" ويرجع السبب في هذه التسمية أن الدير منذ إنشائه حتى أوائل القرن التاسع عشر كان مطلًا على شاطئ النيل، ثم انحسر النيل رويدًا رويدًا، وأصبح يبعد عن النيل حوالي 600 متر تقريبًا، وقد تعرضت المنطقة إلى حملات كثيرة من التخريب والتدمير، فيذكر التاريخ  أنها أحرقت في حريق الفسطاط في القرن العاشر.

وقد أعيد بناؤها مرة أخرى في عام 1168م، ولقد وصف الرحالة الإنجليزي ألفريد بتلر الدير في كتابه الشهير "الكنائس القبطية القديمة في مصر" فقال عنه "أسعدني الحظ باكتشاف دير العذارى، أن به أجمل الأماكن التي يمكن للإنسان أن يتخيلها، وإذا كانت راهباته قد لجأن إليه التماسًا للهدوء، أن دير أبي سيفين يقف مثل واحة مسورة في الصحراء ومنعزلة عن التراب وقطع الخزف الأثرية المكسورة التي تمتد لأجيال جنوب القاهرة حيث لا تستطيع أية مركبة ذات عجلات الدخول إلى هذه المنطقة ولذلك فأن الهدوء هنا لا يعكره أي صخب أو ضجيج كما هو معتاد في حياة العالم" 

ولقد قام البابا كيرلس الخامس البطريرك الـ112 (1874-1927) بتجديد ما تهدم من هذا الدير ؛وكان ذلك عام 1912 في عهد رئاسة الأم يوستينة (1910- 1928) وتذكر الراهبات القدامى أن  قداسته كان يشرف بنفسه علي العمال، وكان يحرص علي الجلوس  وتناول الطعام معهم بكل تواضع قلب وبساطة. 

أما دير الشهيد العظيم أبو سيفين بطموة، فيقول عنه أبو المكارم في كتابه عن تاريخ الكنائس والأديرة "طموية وبحيط بها دير وبيعته علي اسم مرقوريوس وهو مطل علي البحر ويجاوره جوسق يتوصل إليه من هذه البيعة وعلوه مناظر حسنة ويشرف علي البساتين والأشجار والأراضي المزروعة والكروم". 

أما المقريزي فلد ذكر عنه تحت كلمة "دير طموية" غير أنه ذكر أن هذا الدير علي أسم بوجرج " أي مارجرجس ؛ولكن الصحيح هو دير أبو سيفين.

 كما ذكره الرحالة الشهير فانسليب في كتابه "تقرير الحالة الدينية ؛فقال عنه " في طموه نحو الغرب دير  الطوباوي مرقوريوس، وقال عنه القمص عبد المسيح المسعودي البراموسي في كتابه "تحفة السائلين في ذكر أديرة رهبان المصريين دير القديس مرقورويوس ابو السيفين بناحية طموه بمديرية الجيزة غربي النيل وليس فيه رهبان، بل كنيسة يصلي فيها قسوس علمانيون .ذكر في سجل الكنائس تبعا لكرسي أسقف الفيوم سابقًا، وذكره المقريزي باسم دير طموية بفتح الطاء وسكون الميم وفتح الواو وياء ساكنة.

وقد تدهورت حالة الدير كثيرًا إلى أن جاء عصر البابا كيرلس الخامس وشاهد الدير فأخذته الغيرة المقدسة فقرر أن يقوم فيه بنهضة عمرانية  شاملة فقام ببناء ما تهدم من كنيسة الدير الأثرية، كما بني فيه بيتا لخلوته الشخصية خلال زياراته المتكررة للدير، كما أنشأ كنيسة علوية على اسم رئيس الملائكة ميخائيل، كما اهتم بتزويد الدير بمجموعة كبيرة من كتب الصلوات الطقسية لضمان استمرار الصلوات به، والدير حاليا يشهد نهضة روحية وتعميرية كبرى