تتميز الكنيسة القبطية الأرثوذكسية، في عهد البابا تواضروس الثاني، بمستوى جيد في العلاقات مع الكنائس الأخرى وعلى رأسها كنيسة الروم الأرثوذكس.
وعنها يقول الموقع الرسمي للكنيسة القبطية الأرثوذكسية، إنه تم توقيع الاتفاقية الرعوية بين الكنيسة القبطية الأرثوذكسية وبطريركية الروم الأرثوذكس بالإسكندرية وسائر أفريقيا لزيادة التعاون بين الكنيستين وذلك في القاهرة بتاريخ 5 أبريل 2001م.
وجاء في هذه الاتفاقية أنه حيث إن المجمع المقدس لكل من الكنيسة القبطية الأرثوذكسية وبطريركية الروم الأرثوذكس بالإسكندرية وسائر أفريقيا، قد قبل نتائج الحوارات الرسمية الكريستولوجية (الخاصة بطبيعة السيد المسيح) بين الكنيسة الأرثوذكسية والكنائس الأرثوذكسية الشرقية ، بما فى ذلك الاتفاقيتين الرسميتين: الأولى الخاصة بالكريستولوجى التى تم توقيعها فى يونيو 1989 م فى مصر، والثانية أيضًا خاصة بالكريستولوجى ورفع الحرومات وإعادة الشركة الكاملة وتم توقيعها فى جنيف 1990 م، وقد ورد فيها ما يلى: ”فى ضوء الاتفاقية الكريستولوجية، نحن الاّن ندرك جليًا أن العائلتين حافظتا دائمًا على الإيمان الكريستولوجى الأصيل، والتقليد الرسولى المستمر وغير المنقطع” . وتم الاتفاق على الاعتراف المتبادل بسر المعمودية على أساس ما كتبه القديس بولس الرسول ” رب واحد ، إيمان واحد ، معمودية واحدة ” (أف 4 :5).
بما أننا إلى الآن ننتظر استجابة المجامع المقدسة لباقى الكنائس من العائلتين ، فإن العودة الكاملة للشركة بين طرفى الحوارات الثنائية لم يتم التوصل إليه بعد . ونظرًا للعواقب الرعوية والمتضمنات الناتجة عن هذه الزيجات المسيحية المختلطة بين أعضاء بطريركيتي الإسكندرية ، لأن أغلب شعبيهما يعيش فى نفس البلاد . وحيث إن هناك صعوبة من إتمام تلك الزيجات فى الكنيستين فى نفس الوقت ، فإن النتيجة هى أن كثيرًا من الحساسيات تنشأ بين عائلتى الطرفين فى هذه الزيجات . هذه الحساسيات التى تمتد حتى إلى ما بعد الزواج يمكن أن تؤثر على العلاقات بين جماعتى الكنيستين .
لهذه الأسباب المذكورة فإن المجمعين المقدسيين للبطريركيتين قد اتفقا على قبول سر الزيجة الذى يتم إجراؤه فى إحدى الكنيستين ( بشرط أن الطرفين لا ينتميان فى أصلهما إلى نفس بطريركية الكنيسة الأخرى) . كما يجب على كل من العروسين حمل شهادة شرعية للتصريح بالزواج من البطريركية التى ينتميا إليها ، هذه الشهادة تتضمن تفاصيل الحالة الزوجية الحالية لكل منهما.
على كل من البطريركيتين قبول إجراء كل الأسرار الأخرى للأسرة الجديدة فى الزيجة المسيحية المشتركة . وقد تم الإتفاق على أن البطريركية التى تجرى الزيجة تكون مسئولة عن أى مشاكل زوجية تطرأ بخصوص هذه الزيجة ، فى اعتبار لقانون الأحوال الشخصية الموحد الذى وقعه رؤساء الكنائس فى مصر عام 1999، وكل من الكنيستين لها الحق فى عدم تقديم الأسرار لأى شخص لا يتمم قوانينها وفقًا للتقليد الرسولى.
وعلقت الكنيسة القبطية على هذه الاتفاقية بالاشارة إلى أنهها قد قبلت معمودية الروم الأرثوذكس بعد أن تم توقيع الاتفاق الأول سنة 1989 ، وكان ذلك بقرار من المجمع المقدس فى جلسة عيد العنصرة سنة 1990م . فقد نص القرار على قبول معمودية الكنائس الأرثوذكسية التى تقبل معمودية الاقباط، أما باقى الأسرار فسوف يتم قبولها حينما تُرفع الحروم ويتم إعلان عودة الشركة.
وقد بُنى قرار مجمعنا المقدس بشأن قبول المعمودية للروم الأرثوذكس على قول معلمنا بولس الرسول ” رب واحد إيمان واحد . معمودية واحدة”(أف 4 : 5 ) فإذا كان الإيمان واحد أمكن أن تصير المعمودية واحدة بشرط أن يكون الإيمان الذى بُنيت عليه هذه المعمودية هو إيمان سليم .