تتميز الكنيسة القبطية الأرثوذكسية، في عهد البابا تواضروس الثاني، بمستوى جيد في العلاقات مع الكنائس الأخرى وعلى رأسها كنيسة روسيا الأرثوذكسية.
وعنها يقول الموقع الرسمي للكنيسة القبطية الأرثوذكسية، إن البابا الراحل شنودة الثالث قام بأول زيارة لروسيا من 3 – 9 أكتوبر 1972م . وأخرى ثانية من 1 – 20 يونيو 1988 م فى مناسبة الاحتفال بمرور ألف سنة على تعميد روسيا . ثم أرسل بطريرك موسكو أليكسى الثانى خطابًا إلينا بتاريخ 12 / 4 / 2000 م ، يطلب فيه حوارًا مع الكنيسة القبطية الأرثوذكسية فأرسل قداسة البابا شنوده الثالث الرد بتاريخ 7 / 5 / 2000 ، بأننا مرتبطون بكنائس السريان والأرمن فى الشرق الأوسط فى الحوارات اللاهوتية (وفقًا لإتفاق تم توقيعه بين الآباء رؤساء الكنائس الثلاثة فى 11 مارس 1998م) ، وأنه لا مانع لدينا من إنشاء لجنة للعلاقات المسكونية بين هذه الكنائس الثلاث وكنيسة روسيا يتضمن عملها شرح الإتفاقيات اللاهوتية التى تم توقيعها مع عائلة كنائس الروم الأرثوذكس، لتسهيل قبولها بوساطة المجمع المقدس للكنيسة الروسية ، إلى جوار تعزيز أوجه التعاون مع هذه الكنيسة .
وعُقد اللقاء الأول للجنة العلاقات بين الكنيستين من 3 – 5 سبتمبر 2001 م فى ضيافة أليكسى الثانى بطريرك موسكو ، بهدف تعميق روابط التعاون والعمل على إزالة العوائق أمام قبول الاتفاقات اللاهوتية الرسمية التى تم توقيعها بين العائلتين الأرثوذكسيتين، كما وعُقد اللقاء الثانى فى الفترة من 13 – 17 ديسمبر 2004 م بمركز مار مرقس بمدينة نصر . ودار الحوار حول القديس البابا ديسقوروس ومجمع خلقيدونية 451 م ، وكريستولوجية القديس ساويرس الأنطاكى، وعُقد اللقاء الثالث فى أنتلياس 12 – 16 ديسمبر 2005 م واستكمل الحوار حول كريستولوجية القديس ساويرس الأنطاكى . ودار حوار حول الطاقة الإلهية والطاقة البشرية للمسيح . وقد تم تقديم أوراق بحثية من الجانبين .
كما زار البطريرك كيريل بطريرك روسيا مصر من 10 – 12 أكتوبر 2010 م، والتقى بالبابا شنودة الثالث . وزار البابا تواضروس الثانى روسيا للمرة الأولى فى 28 أكتوبر 2014م حيث التقى هو ومرافقوه بالبطريرك كيريل ومجموعة من المطارنة الروس فى جلسة رسمية فى البطريركية فى موسكو ، قاما فيها بتكوين لجنة جديدة للعلاقات بين الكنيسة القبطية الأرثوذكسية وبين الكنيسة الروسية . وزارها للمرة الثانية 23 – 25 مايو 2017 م حيث استقبله البطريرك كيريل وسلمه جائزة تعزيز الوحدة بين الشعوب الأرثوذكسية ، وهى جائزة دولية من المؤسسة الدولية لوحدة الأمم المسيحية الأرثوذكسية بروسيا كما استقبله الرئيس بوتن .
ومن نتائج هذه الزيارات لقداسته ، أنها رسَّخت وعمَّقت العلاقات بين الكنيستين ومن ذلك : الزيارات المتبادلة للآباء الأساقفة ورؤساء الأديرة والوفود الرهبانية ، وكذلك التعاون في مجال الدراسات الأكاديمية والمنح الدراسية وتبادل الأساتذة والطلاب ، ومنها زيارة وفد أكاديمية موسكو اللاهوتية للكنيسة القبطية في مايو 2019 م، وزيارة وفد من المعاهد والكليات اللاهوتية القبطية للكنيسة الروسية في نوفمبر 2019 م ، وأيضًا التعاون في مجالات أخري منها الإعلام والمؤتمرات والحوارات اللاهوتية ، وغيرها .