رد الدكتور جورج حبيب بباوي على الهجوم الذى طال البابا تواضروس الثانى بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية والكنيسة بعد تناوله من الأسرار المقدسة فى بيان له وقال: دُهشتُ للعاصفة الإعلامية التي أهاجها البعض بخصوص تناولي من الأسرار الإلهية، دون سبب معقول، ولكن، متى كان للشر سببُ معقول؟، أول كل شئ، أسجل الشكر، كل الشكر للأب محب أولاده قداسة البابا تواضروس الثاني، عطية الله، الذي طلب من نيافة الأنبا سيرافيم، فتفضل بزيارتي وفي معيته الأب إسطفانوس، حاملين معهما الكلمة المتجسد".
وأضاف بباوي:" كنت أعتقد أن هذه الزيارة هي خاتمة أحداث طالت في الزمان حتى بلغت ما يزيد عن أربعين عامًا، ولكن حَرِصَ الذين اعتادوا على اختراع الشر ألّا تفلت الفرصة من أيديهم فأهاجوا من جديد عاصفة الأحقاد، وإن كانت قد طالت هذه المرة قداسة البابا تواضروس الثانى، لذا فإني أعتذر لقداسته عما سببته له من هجوم داس على أبسط الحقائق، وهي أنه أبٌ يرعى أولاده، وأنه حرّ في تصرفاته، لا سيما تلك التي تراعي المحبة والأمانة، وأقدم شكرًا خاصًا لنيافة الحبر الجليل الأنبا رافائيل الذي قَبِلَ المصالحة ومد يده بالسلام، مؤكدًا أنه وضع المسيح فوق كل اعتبار".
وتابع بباوى، أؤكد أن كل الفرقاء لهم نفس الإيمان وذات العقيدة، وهو ما سبق وأن كتبته بيدي عدة مرات، إيمان الأب متى المسكين هو ذات إيمان البابا شنودة الثالث، وهو هو ذات إيماني أنا أيضًا، فإذا اختلف الشرح أو التأويل، فإن الحكم بالهرطقة لا يجب أن يصدر إلَّا بعد محاكمة يتاح فيها للمتهم أن يدافع عن نفسه، ذلك هو قانون الكنيسة.
واستطرد، قد شرحتُ إيمانى بكل وضوح في ما يزيد عن أربعين كتابًا، وعدد من المحاضرات والمقالات ـ جميعها في متناول اليد ـ لا تسمح لمتقول باللجاج في أن إيماني هو ذات إيمان الأباء الذى تقدّمه صلوات أم الشهداء، من كل قلبي أطلب غفرانًا لكل من أبدى عداوةً، ولكل من تلفظ بشتيمةٍ ظنًا منهم أنهم بذلك يحجزون لأنفسهم أماكن ضمن المدافعين عن الإيمان، وما كان الدفاع عن الإيمان يومًا إلّا رحابة صدر ورجاحة عقل، ولنا في كتابات أثناسيوس وكيرلس مثلًا يُحتذي.
وأنهى بيانه قائلا، أرجو من الجميع مراعاة سلام الكنيسة، آملًا أن تنحسر هذه العاصفة الهوجاء، فلا يفيد منها شيطان الانقسام، لا داعي للشتائم، لأن ما فعله قداسة البابا تواضروس هو من أجل الإيمان، وكل ما أطلبه هو سلام وهدوء الكنيسة.
وتداول رواد مواقع التواصل الاجتماعي "فيس بوك"، بفرح واقعة عفو البابا تواضروس والكنيسة القبطية الأرثوذكسية عن عالم اللاهوت الدكتور جورج بباوى بعد سنوات من العزل.
وكتب يسرى صموائيل عازر وهو أحد المتابعين عن قرب للدكتور " بباوى" على صفحته الشخصية بفيس بوك الآتى: شهاده للتاريخ، قام مجموعه من الأحباء والمهتمين بمقابله نيافه البابا تواضروس وعرضوا عليه ضروره النظر في حالة الدكتور جورج حبيب بباوي وحيث أن كل التهم التي اتهم بها قبلتها الكنيسة بنوع ما مثل التأله ومناوله الحائض وأن الرجل أمين للكنيسه ومازال يكتب ويبحث وينشر عن بنيان الكنيسه القبطية الأرثوذكسية،،أم الشهداء كما يحب أن يلقبها.
وتابع: وان حالته الصحيه متأخره وهذا ضروره الاهتمام والبت في الموضوع، فوافق نيافته علي عودته للشركة وطلب عنوانه ورقم تليفونه ليرسل له أحد الكهنه لقراءه الحل واعطاؤه الافخارستيا،وهذا ما تم وكنت مشاركًا فيه، أختتم: طوبي لمن يضمد جراحات المسيح ويطيب اعضاء جسده المتألمه بطيب الحب، نشكر نيافه الاب البطرك علي محبته للوائام ورائب الصدع وزرع السلام،بالحقيقه هو يعمل علي لم شمل الكنيسه واعاده تجميع قواها واولادها المنفرطون.