عقب الحادث الإرهابي الذي استهدف أتوبيسًا يقل مسيحيين كانوا في طريقهم إلى دير الأنبا صمويل المعترف، بمنطقة جبل القلمون في الصحراء بغرب المنيا، استشهد على إثره 26 مواطنًا، اشتعلت أزمة بين أقارب شهداء دير صمويل المعترف، والأنبا أغاثون أسقف مغاغة، حيث ادعى بطرس بيشاي، خال شهيدين- لقيا مصرعهما إثر الحادث- أن بعض الآباء حين يزورون الأنبا في المطرانية ويبدون رغبتهم في زيارة أسر الشهداء فإنه يسمح لهم بزيارة كل الأسر إلا أسرة الشهيدين، جرجس محروس جرجس، وكيرلس، زاعمًا أنه لم يقم بزيارة أسرة الشهيدين أيا من الأباء الأساقفة إلا نيافة القديس الأنبا باسيليوس، أسقف ورئيس دير الأنبا صموئيل المعترف.
ونشر بطرس بيشاي، خال الشهيدين، مقطع فيديو، يُظهر الأنبا أغاثون وهو يقول فيه إنه سيعد مدفنة جماعية، وبعدما انفعل عليه محروس جرجس، والد الشهيدين، ردّ الأنبا قائلا «اخرس يا قليل الأدب»، وعقب بيان نشرته مطرانية مغاغة، وصفه أهالي الشهداء بـ«الهجومي»، ردّ بطرس بيشاي، خال الشهيدين، على بيان المطرانية، ذكر فيه أن هناك خلافًا بين الأنبا أغاثون والأنبا باسيليوس، رئيس دير الأنبا صمويل المعترف، يمنع الأول من دفن الشهداء في دير الأنبا صمويل، وإصدار قرار بدفنهم في مقبرة جماعية مع بعضهم البعض.
وجاء في بيان المطرانية أن محروس جرجس، والد الشهيدين، قال للأنبا أغاثون «لا يا سيدنا احنا ملناش دعوة بيك ولا بالأنبا باسيليوس»، إلا أن هناك جزءًا مقتطعًا بعد هذه الجملة، وهو الجزء الذي قال فيه بطرس «صفوا خلافاتكم مش على حساب جثثنا»، كما وجه خال الشهيدين رسالة إلى كاتب بيان المطرانية -الذي أثار غضبه- قائلا «أضحك الله سنك»، موجهًا اللوم للأنبا أغاثون لأنه لم يقدم العزاء سوى في اليوم الثالث فقط، وهو اليوم الذي علم فيه أهالي الشهداء أن العزاء في مجمع المطرانية.